En polymorfisme (q.v.) på et bestemt base websted i en kodning sekvens, fx ved basere 306 i et bestemt gen, én privatperson kunne være heterozygous for a og G: maternel allel kunne har et a på dette websted, mens de faderlig allel har et g på dette websted. Denne type polymorfisme er omfattende hele genomet, og har den store fordel, at påviselige uden behov for gelelektroforese, som åbner vejen for storstilet automatisering af genotypebestemmelse.