Deoxynucleotide חסר קבוצת הידרוקסיל 3´, לכן אין אפשרות ליצירת קשר פוספו-diester 3´-5´ הכרחי עבור שרשרת התארכות. Di-deoxynucleotides נמצאים בשימוש רצף ה-DNA וטיפול של מחלות ויראליות. המכונה לעיתים גם.