อนุภาคที่มีประจุไฟฟ้าเป็นบวกในนิวเคลียสของอะตอม จำนวนโปรตอนเป็นตัวกำหนดลักษณะขององค์ประกอบ เช่น ไฮโดรเจนมีหนึ่งโปรตอน ฮีเลียมมีสองโปรตอน เป็นต้น